La costruzione rimase per anni nell’ombra della Cappella Palatina di Ruggero II ed è un monumento conosciuto da pochi. Il nome di Santa Maria delle Grazie è posteriore all’inserimento della pala d’altare raffigurante l’omonima iconografia, risalente agli ampliamenti palaziali di fase spagnola.
L’edificio spesso definito “cripta”, perchè al di sotto della Cappella Palatina, è in realtà una chiesa inferiore, in quanto non sottostante la quota del cortile Maqueda.
Il nucleo è costituito da tre parti complementari: ad est si trova una cappella a tre navate, divisa da due colonne e coperta da un volta a crociera (chiesa di Santa Maria delle Grazie), ad ovest un ambiente rettangolare con una volta a botte (luogo in cui nel 1166 fu deposto il sarcofago di re Guglielmo I) ed infine un camminamento che circonda la struttura da tutti e quattro i lati.
La chiesa fu anche utilizzata come luogo di sepoltura per personaggi di rilievo, quali il viceré Emanuele Filiberto di Savoia, morto di peste nel 1624.
