Der Bau, den nur Wenige kennen, blieb für Jahre im Schatten der Cappella Palatina Rogers II. Der Name der Kirche, Santa Maria delle Grazie, ist jünger als die Aufstellung des Altarbildes mit eben diesem Thema und geht auf die spanische Epoche zurück, als der Palast erweitert wurde.
Das Bauwerk, das oft als cripta bezeichnet wird, weil es unter der Cappella Palatina liegt, ist in Wirklichkeit eine tiefer gelegene Kirche, da sie eben nicht unter sondern auf demselben Niveau des Maqueda-Hofes liegt.
Der Kern des Bauwerks besteht aus drei sich ergänzenden Teilen: Im Osten befindet sich eine Kapelle mit drei Schiffen, die durch zwei Säulen aufgeteilt ist und deren Dach aus einem Kreuzgewölbe besteht. Im Westen befindet sich ein rechteckiger Raum mit einem Tonnengewölbe. Hier wurde 1166 der Sarkophag König Wilhelms I. aufgestellt.
Und schließlich gehört auch noch ein Gang dazu, der die Räume von allen vier Seiten säumt. Benutzt wurde die Kirche auch als Begräbnisort bedeutender Persönlichkeiten, wie dem Vizekönig Emanuel Filibert von Savoyen, der 1624 an der Pest gestorben war.
