Esta construcción permaneció por años a la sombra de la Cappella Palatina de Ruggero II y es un monumento conocido por pocos. El nombre de Santa Maria delle Grazie lo adquiere después de la inserción en el altar del retablo representando la homónima iconografía, que se remonta al periodo de la ampliación del palacio por parte de los españoles.
El edificio a menudo definido “cripta”, porque se encuentra por debajo de la Cappella Palatina, en realidad es una iglesia inferior, ya que se ubica al mismo nivel de altura que el cortile Maqueda.
El núcleo se compone de tres partes: al este encontramos la capilla a tres navetas, dividida por dos columnas y cubierta por una boveda a cruz (chiesa di Santa Maria delle Grazie), a oeste un ambiente rectangular con una bóveda (lugar en que fue colocado el sarcófago del rey Guglielmo I en 1166) y por último un pasillo que rodea la estructura por los cuatro lados.
La iglesia fué utilizada como lugar de sepultura de personajes, como el virrey Emanuele Filiberto di Savoia, víctima de la peste de 1624.
