La construction est resté pendant des anneés à l’ombre de la Cappella Palatina de Ruggero II, et c’est un monument peu connu. Le nom de Santa Maria delle Grazie est postérieur au devant d’autel et remonte à la période espagnole.
L’édifice est appelée «cripte» parcequ’il se trouve sous la Cappella Palatina, c’est en réalité une église inférieure car son niveau non est plus bas que la cour Maqueda.
L’édifice est composé de trois parties complémentaires : à est se trouve la chapelle à trois nefs, divisée par deux colonnes et recouverte par une voûte en croix (l’église Santa Maria delle Grazie), à ouest une piéce rectangulaire avec une voûte en berceau (lieu ou fut déposé le sarcofage de Guglielmo I), et enfin un cheminement qui entoure la structure de tous les côtés.
L’église fut utilisée comme lieu de sépulture pour personnages importants comme le vice roi Emanuele Filiberto de Savoia mort de la peste en 1624.
