Le segrete allo stesso livello della Chiesa inferiore (sottostante la Cappella Palatina) e come essa in origine di fase “arabo-normanna”, si articolano sotto il Cortile della Fontana. La sala rettangolare, la più vasta di tali ambienti, è quella dalla quale deriva il nome di segrete, visto il ritrovamento negli anni ottanta di taluni graffiti, raffiguranti navi stilisticamente di gusto medievale.
